離子色譜法主要用于環境樣品的分析，包括地表水、飲用水、雨水、生活污水和工業廢水、酸性沉積物和大氣顆粒物中的陰離子和陽離子的分析，以及與微電子工業相關的水和試劑中的微量雜質。 離子色譜儀工作流程：
輸液泵以穩定的流速（或壓力）將流動相輸送到分析系統。樣品在色譜柱之前通過樣品注射器引入。流動相使樣品進入色譜柱。色譜柱中的每一種成分都被分離，并依次與流動相一起流向檢測器。抑制性離子色譜在電導率檢測器之前添加了抑制系統。
也就是說，使用另一高壓輸注泵將再生液體輸送到抑制器，其中流動相的背景電導率降低。然后將流出物引入電導率檢測池。檢測到的信號被發送到數據系統以進行記錄、處理或存儲。非抑制離子離子色譜儀不使用抑制器和高壓泵輸送再生液。因此，儀器的結構簡單得多，價格也便宜得多。
在食品質量和安全的分析和檢測中，液相色譜法和離子色譜法被廣泛使用。高效液相色譜（HPLC）是一種色譜方法。糧油食品的低檢出限為0.0037～0.0074mg/kg，可測定糧油食品中各種氨基甲酸酯類農藥的含量。它還可用于測定食品樣品中的真菌毒素，包括黃曲霉毒素、鐮刀菌毒素和玉米赤霉烯酮。
此外，液相色譜法和離子色譜法還可以檢測糧油中的重金屬元素，以確保食品不受工業污染。離子色譜法通過有效去除樣品中過量雜質的干擾，對各種重金屬元素進行準確、靈敏的定量分析，逐漸成為糧油食品檢驗的一大發展趨勢，受到各省市食品工業產品質量檢驗機構的追捧。
食品和食品的霉變不僅會造成財產損失，還會導致人和動物誤中毒，導致癌癥。離子色譜儀能夠滿足國家糧油食品檢測服務的需要，使產品質量更加安全。
離子色譜儀廣泛應用于市政自來水、農村飲用水、環境監測、農業、質檢、疾病控制、石油、化工、大學、科研、第三方檢測等領域。
